Avviare Power Shell da SQL Server Management studio e lanciare il seguente script:

$db = (new-Object Microsoft.SqlServer.Management.Smo.Server("nome_server")).Databases.Item("nome_database")
Foreach ($sp in $db.StoredProcedures){
	if(!$sp.IsSystemObject){
		if (!$sp.IsEncrypted){
			$sp.TextMode = $false;
			$sp.IsEncrypted = $true;
			$sp.TextMode = $true;
			try{
				$sp.Alter();
			}catch{
				Write-Host "Non è stato possibile criptare la stored $sp.Name."
			}
		}
	}
}

Attenzione ! Visto che questo tipo di azione è irreversibile, eseguire la procedura su una copia del database originale.